การศึกษาข้อมูลขนาดใหญ่มาพร้อมกับความท้าทายในการจำลอง

การศึกษาข้อมูลขนาดใหญ่มาพร้อมกับความท้าทายในการจำลอง

ในการสืบเสาะสำรวจเขตแดนที่ไม่รู้จักภายในร่างกายของฉันเอง ฉันสะดุดกับปัญหาที่ยากที่สุดปัญหาหนึ่งที่วิทยาศาสตร์กำลังเผชิญอยู่ปัญหานี้ ผลลัพธ์ที่ไม่อาจเลียนแบบได้ คือเมฆมืดที่ปกคลุมชีวิตและสังคมศาสตร์ การเผชิญหน้าของฉันเริ่มต้นขึ้นเมื่อฉันส่งตัวอย่างอุจจาระที่เหมือนกันไปยังบริการจัดลำดับไมโครไบโอมสองแห่ง ( SN Online: 6/17/14 ) ไมโครไบโอมเป็นชุมชนของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในและบนร่างกายมนุษย์ และจากการศึกษาพบว่าไมโครไบโอมนั้นสร้างสุขภาพและแม้กระทั่งพฤติกรรม เป้าหมายของฉันคือการค้นหาแบคทีเรียที่อาศัยอยู่ในลำไส้ของฉัน ซึ่งเป็นส่วนที่มีจุลชีพมากที่สุดในร่างกาย

ฉบับก่อนหน้า 24 มกราคม: “การแสดงซ้ำ”

บทความนี้เป็นงวดที่สองของซีรีส์สองตอน ในฉบับวันที่ 24 มกราคม นักเขียน Tina Hesman Saey ได้ตรวจสอบสาเหตุที่นักวิทยาศาสตร์มีปัญหาอย่างมากในการจำลองการค้นพบที่ตีพิมพ์ก่อนหน้านี้

ฉันคิดว่ากระบวนการนี้จะตรงไปตรงมา: บริการทั้งสองอย่าง American Gut และ µBiome จะตรวจสอบ DNA จากจุลินทรีย์ในลำไส้ของฉันและบอกฉันว่ามีอะไรอยู่ในนั้น แต่เมื่อผลลัพธ์กลับมา ฉันไม่ฉลาดกว่าเมื่อก่อน — แค่สับสน โปรไฟล์ที่นำเสนอโดยบริการแสดงผลลัพธ์ที่แตกต่างกันอย่างมาก ตัวอย่างเช่น พวกเขารายงานการอ่านที่ตรงกันข้ามเกือบทั้งหมดในสัดส่วนของ Firmicutes และ Bacteroidetes ซึ่งเป็นไฟลาหลักสองชนิดที่พบในลำไส้ของมนุษย์ สิ่งนี้น่าผิดหวังเพราะการผสมผสานของทั้งสองสิ่งนี้อาจกำหนดว่ามีคนอ้วนหรือไม่และส่งผลต่อสุขภาพด้านอื่น ๆ ฉันคิดว่าอย่างน้อยฉันก็จะได้เรียนรู้ว่าผู้เล่นหลักเหล่านี้อาศัยอยู่ในลำไส้ของฉันกี่คน ( SN: 1/11/14, p. 28 )

แม้ว่าแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อราที่นักวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับไมโครไบโอมศึกษา

นั้นเป็นจุลทรรศน์ แต่ปริมาณข้อมูลที่จำเป็นในการจัดทำรายการจุลินทรีย์และหาผลกระทบต่อร่างกายก็มีมาก สำหรับตัวอย่างหนึ่งเช่นฉัน อาจมีแบคทีเรียหลายร้อยชนิด และ DNA 

อีกหลายพันบิตเพื่อจัดลำดับและวิเคราะห์ เพื่อบอกฉันว่าส่วนผสมส่วนตัวของฉันเป็นอย่างไร นักวิจัยได้เปรียบเทียบตัวอย่างของฉันกับคนอื่นๆ อีกหลายพันคน แต่หากต้องการค้นพบผลกระทบของจุลินทรีย์ต่างๆ ต่อสุขภาพ นักวิทยาศาสตร์อาจวิเคราะห์ตัวอย่างหลายร้อยหรือหลายพันตัวอย่าง โดยแต่ละตัวอย่างมีระบบนิเวศของตัวเองของจุลินทรีย์จำนวนมากมาย ถ้าห้องปฏิบัติการสองแห่งไม่สามารถเก็บตัวอย่างของฉันได้ถูกต้อง สิ่งนั้นบอกอะไรสำหรับการศึกษาจำนวนมากที่จัดทำรายการแบคทีเรียที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพและโรคของมนุษย์

เมื่อฉันทวีตและเขียนบล็อกเกี่ยวกับการค้นพบที่ผิดปกติ ผู้คนที่ศึกษาไมโครไบโอมสารภาพว่าพวกเขาไม่แปลกใจเลยที่ผลลัพธ์ของฉันจะแตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง พวกเขาเคยประสบปัญหานี้มาก่อน และตอนนี้พวกเขากำลังเตรียมที่จะจัดการกับมัน ฉันได้รับเชิญให้ชม

นักวิจัยด้านไมโครไบโอมไม่ได้เป็นเพียงคนเดียวที่มีช่วงเวลาที่ยากลำบากในการจำลองผลลัพธ์ การเพิกถอนและการแก้ไขในวรรณคดีทางวิทยาศาสตร์กำลังเพิ่มขึ้น นักวิทยาศาสตร์กำลังโต้เถียงกันอย่างถึงพริกถึงขิงทั้งที่มาและวิธีแก้ปัญหาที่เป็นวิทยาศาสตร์แบบโยก ( SN: 1/24/15, p. 20 )

เป็นการยากพอที่จะทำซ้ำสิ่งที่ค้นพบจากการศึกษากับหนูหรือคนจำนวนหนึ่ง แต่ขยายงานให้ครอบคลุมจุดข้อมูลนับพันหรือล้านจุดซึ่งรวบรวมจากหัวข้อการวิจัยจำนวนมาก เช่น ประเภทของงานที่ทำในด้านการขยายขอบเขตของจีโนม เป็นต้น และช่องว่างสำหรับข้อผิดพลาดก็เพิ่มขึ้นอย่างก้าวกระโดด

credit : webseconomicas.net yukveesyatasinir.com disabilitylisteningtour.com hollandtalkies.com somersetacademypompano.com kleinerhase.com lagauledechoisyleroi.net halkmutfagi.com alriksyweather.net jimwilkenministries.org